از ابتدای افتتاح سامانه مجلس گرافی، این سامانه با حملات متعدد منع سرویس (Denial of Service) مواجه بوده است. دوشنبه شب (3 اسفند 94) این حملات باعث شد تا این سامانه برای مدتی با مشکلاتی مواجه شد که هم اکنون به همت تیم فنی سایت این مشکلات مرتفع شده است. تیم فنی سایت هم اکنون در حال تحلیل اطلاعات حمله برای کشف منبع واقعی این حملات می باشد.